Come abbiamo scritto in precedenza, il Pantheon che vediamo oggi fu costruito dall'imperatore Traiano, che iniziò i lavori nel 113-114 d.C, e venne terminato e inaugurato dall'imperatore Adriano negli anni dopo il 123 d.C. lasciando su frontone l 'iscrizione di Agrippa.
L'immensa cupola di 43 metri di diametro, che ancor oggi è la più grande cupola in cemento non armato del mondo, fu probabilmente progettata da Apollodoro di Damasco, uno dei più grandi architetti dell'antichità. Era l'architetto favorito di Traiano che per lui progettò il Foro di Traiano con la Basilica Ulpia, e costruì il grande ponte sul Danubio illustrato dai rilievi della Colonna Traiana.
Nella tarda antichità molti dei templi romani del Foro, ormai privi di culto, vennero smantellati per riutilizzare colonne e marmi preziosi, oppure trasformati in chiese mantenendo qualche elemento architettonico antico. Lo stesso avvenne per i palazzi imperiali e per altri edifici di Roma.
Le peggiori distruzioni non furono però causate dalle invasioni e dai saccheggi dei barbari, che sicuramente fecero sparire ogni oggetto prezioso. Furono fatte dai romani stessi, che più banalmente avevano bisogno di materiali da costruzione pronti all'uso e non esitarono a demolire edifici, asportare laterizi, smontare marmi e colonne per riadoperarli altrove.
E siccome durante il medioevo scarseggiavano i metalli, colonne e trabeazioni furono smontate o perforate per recuperare i metalli che le tenevano insieme, soprattutto piombo e bronzo.
Anche il Pantheon subì una serie di saccheggi e furti di materiali, ma la bellezza e la maestosità della sua cupola lo salvarono dalla distruzione, grazie anche all'imperatore Foca che nel 609 d.C. l' accettò di donare «il tempio chiamato Pantheon» a papa Bonifacio IV che glielo aveva chiesto.
Il Pantheon divenne così la chiesa di Santa Maria ad Martyres, e rimase quasi intatto. Ma ugualmente subì una serie di furti di metalli che durante il Medioevo erano considerati ben più preziosi dei marmi o delle sculture.
Nel 603 d.C. l'imperatore Costanzo II fece asportare le tegole di bronzo dorato che coprivano il tetto della cupola del Pantheon, causando pericolose infiltrazioni d'acqua cui pose rimedio papa Gregorio III (731-741) che fece sistemare nuove tegole in piombo.
Ufficialmente disse di averlo fatto per procurare il bronzo necessario al baldacchino del Bernini nella Basilica di San Pietro.
Ma in realtà quel bronzo fu adoperato per fare i nuovi cannoni di Castel Sant'Angelo, il Mausoleo di Adriano ormai trasformato in fortezza.
Nel Seicento e Settecento, infine, col pretesto di ripulirli e restaurarli molti marmi preziosi che rivestivano le pareti vennero rubati fatti sparire – soprattutto il porfido rosso – sostituendoli con affreschi trompe l'oeil dipinti a finto marmo.
Sono talmente realistici che molti credono che si tratti ancora dei marmi originali, ma non è così.
Solo le grandi colonne in marmo giallo antico vennero lasciate al loro posto, perché altrimenti l'edificio sarebbe crollato.
In realtà i colori alle pareti vennero cambiati completamente, passando da un prevalere di bianco e rosso all'attuale verde e giallo.
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